Это поймёт, скорее всего, только один человек, который голый текст нихрена не читает, но всё равно.
Шизариум-трёп.
Я думаю о том, что в каждой локации антагонист есть воплощение доктора Моргана. И на него влияет та информация, которую со временем узнаёт Макс.

Морган - Мамочка.
Итак, что мы имеем. Кучку детей и влияющего на них инопланетного монстра. Самое начало игры в башне, Макс пытается понять, что вообще происходит.
Дети - это пациенты. Они ничего не могут толком объяснить, но "доктор Морган - хороший, он самый лучший". Дети из первой локации так же считают, что Мамочка - хорошая и только добро им делает. Почему ещё дети - пациенты? Взрыв генератора, конечно, не убивает Моргана в самом начале игры, но он убивает Мамочку, тоесть спасает детей. Здесь можно поставить знак равенства, потому что позже мы узнаём, что из всех пациентов после взрыва неисправного генератора в башне выжил только Макс. Скорее всего, тем пациентам уже нельзя было чем-то помочь и вернуть их в нормальное состояние, разве что ммм... "освободить их души", так что смерть, скорей всего, была для них наиболее благоприятным исходом.

Морган - Громна.
Макс уже был в лаборатории, он знает, что Морган ставит опыты на людях. Громна эксперементировал на членах исследовательской команды. Эти полуциклопы-полуинсектоиды - его неудавшиеся опыты, от того и страдают. Скорее всего, Морган организовал психбольницу как прикрытие и источник материала для своих опытов одновременно. На это нам позже намекает старик, которого мы размораживаем в морге. Ему сказали, что он уже не подходит по возрасту для подопытного. Я веду к тому, что полуциклопы-полунасекомые - это воплощение пациентов психбольницы. Скорее всего, они - неудачные результаты экспериментов Моргана, потому что из записей на досках в лаборатории и обрывков памяти Макса становится известно, что он изучал сознание в своей работе.

Морган - Кетцалькоатль.
Я только начал эту локацию, поэтому не могу сказать чего-то существенного. Но сейчас, если можно так выразиться, Морган "зациклился" на Максе - ещё бы, если тот всё вспомнит, узнает и сбежит, то Морган огребает. Так и тут - Кетцалькоатль, окромя чумы на оба ваши домана всю деревню, хочет убить конкретно Ольмека.

Почему нет цирка?

Там и явного антатагониста нет. Просто воспоминания Макса начинаются со смерти сестры. Вместе с этим к нему возвращается чувство вины за то, что он не смог исполнить её последнюю волю.
Впрочем, если притянуть за уши в качестве антагониста Кальмара и приравнять его к Моргану, можно, в принципе, обосновать это тем, что Кальмар(Морган) не позволяет никому покинуть пределы острова(больницы). Плюс, можно с совсем уж видимым усилием притянуть сравнение цирковой труппы с пациентами. Никто не хочет оставаться на острове, никому не нравится в цирке, но выбор у них небольшой. Так, группу людей, отправившихся узнать, что там за особняк на холме, который от острова отделяет водное пространство, съел Кальмар. Если допустить, что несколько пациентов могли пытаться сбежать, то они были пойманы и не выжили, ибо их, скорей всего отправили в лабораторию. Ну либо они были убиты на месте "на всякий случай", но для меня первый вариант правдоподобней - количество подопытных всё-таки ограничено.